С 2017 года по февраль 2020 года Лепайыэ являлся вице-мэром Тарту.

Ранее работал вице-канцлером Министерства образования и науки, являлся председателем совета целевого капитала физической культура и спорта Эстонского культурного капитала, председателем совета целевого учреждения спортивной информации и обучения, членом совета музея спорта.

Лепайыэ являлся членом Центристской партии.