Жители Мярьямаа и Сауга жаловались на то, что автобусы сломаны, что в них пахнет выхлопными газами, холодно, а иногда они и вовсе не приходят. В ходе проведенного рейда выяснилось, что шесть из проверенных восьми автобусов фирмы не соответствовали требованиям.

В 2017 году водители ATKO провели перед таллиннским офисом фирмы пикет против махинаций с заработными платами.

В 2017 году зять владельца ATKO Арво Сарапуу Марго Томингас получил в ходе согласительного производства штраф в размере 14 700 евро. Согласно обвинению, он дал взятку представителю генштаба Сил обороны в обмен на заказ транспортных услуг со стороны ведомства.

В 2016 году на повестку встал вопрос о прекращении договора между Харьюмаа и ATKO, поскольку у последней было 250 нарушений (в том числе пьяный водитель школьного автобуса).

В 2013 году — серьезные проблемы на линии Сауэ-Таллинн, когда из-за технических неполадок один автобус сгорел дотла, а водитель второго оказался настолько шокирован инцидентом, что стал пить за рулем пиво.

В 2006-2007 году проблемы наблюдались у дочернего предприятия ATKO Harjumaa Liinid, когда из-за технических проблем происходили массовые отмены рейсов.