Для кандидатов из Эстонии предусмотрено 55 мест, из которых 48 — по программам бакалавриата, специалитета и магистратуры, 6 — по программам подготовки научно-педагогических кадров в аспирантуре и ординатуре, а также 1 место — победителю XI Международной олимпиады по русскому языку.

Студентам основных программ (бакалавриат, специалитет, магистратура и т.д.) выплачивается стипендия в течение всего периода учёбы вне зависимости от академической успеваемости. Им также предоставляются места в общежитии на условиях, действующих для граждан России, которые обучаются за счёт бюджета. По программам дополнительного высшего образования и повышения квалификации стипендия не выплачивается.

Студенты, которые завершают обучение по программе и желают получить квоту на продолжение учёбы на следующем уровне (например, в магистратуре после бакалавриата), должны вновь подать документы и пройти отбор.

Иностранные граждане, недостаточно владеющие русским языком, могут пройти бесплатную подготовку на специальных факультетах российских вузов. Им выплачивается стипендия. Срок прохождения подготовительных курсов составляет один учебный год, затем начинается обучение по основной программе. Распределение по конкретным университетам ведёт Минобрнауки России. При этом подготовительные факультеты могут находиться в вузах, которые не были указаны кандидатом как основные. Абитуриенты ординатуры должны знать русский язык на уровне, необходимом для освоения учебной программы. Подготовительные курсы для них не предусмотрены.

Участники программы оплачивают транспортные и иные сопутствующие расходы, включая медицинское страхование, из собственных средств.