Бывший префект полиции и министр внутренних дел Калле Лаанет указал на то, что расследование дела "самих себя" ставит людей в сложное положение, и чтобы сотрудники КаПо не были бы под постоянным напряжением, дело Пыдера, наверно, должно расследовать какое-нибудь другое учреждение. "Я не говорю, что сейчас следствие не объективно, но оно должно выглядеть объективным и для внешнего мира", — подчеркнул Лаанет.

Эксперт по безопасности и экс-председатель парламентской комиссии по надзору за органами безопасности Яанус Рахумяги сказал прямо, что речь идет о ненормальной ситуации: "Мы не знаем такого, чтобы в другом государстве предполагаемое преступление, совершенное чиновником, расследовало бы учреждение, где он работал. Особенно учитывая высокий пост Пыдера в КаПо, это совершенно не внушает доверия".

В то же время Рахумяги констатировал, сославшись на нынешнюю организацию системы безопасности Эстонии, что большого выбора здесь нет, так как когда-то конкурировавшее с КаПо ведомство — Центральная криминальная полиция — разрушена.

По словам ведущего госпрокурора Хейли Сепп, при возбуждении уголовного дела поначалу было решено, что досудебное производство проведет Госпрокуратура. По словам Сепп, так и происходило — около месяца. Однако в ходе расследования выяснилось, что за короткий подготовительный период надо параллельно и быстро провести в разных местах множество необходимых и объемных процессуальных действий.

Сепп сослалась на то, что, учитывая ограниченность ресурсов, запланированных в прокуратуре на досудебное следствие, и необходимость обеспечить оптимальные средства и координацию для проведения действий без заминок, было признано целесообразным, чтобы производство по делу продолжила полиция безопасности.